Hasta finales del siglo XVI los jesuitas fundaron trece espacios de misión, entre colegios, residencias y doctrinas. En 1569 -es decir un año luego de su llegada al Perú-, su número se incrementó a 30; en 1584, aumentó a 132; diez años después el número era de 232 y al iniciar el siglo XVII el total de jesuitas sumaba 279. Si bien es cierto que un  buen número provenía de Europa (España o Italia) lo cierto es que las vocaciones surgidas en territorio peruano se hicieron presente desde su arribo mismo a nuestras costas. De acuerdo al catálogo conservado (como transcripción) en el Archivo Vargas Ugarte, se conservan los nombres de 258 sujetos ingresados a la Compañía en el Perú y Sudamérica entre 1568 y 1600, de los cuales algunos la dejaron y otros murieron en el proceso. De todos ellos 56 habían nacido en territorio del Virreinato y 13 en las audiencias de Panamá, Chile o en Asunción y hasta en la isla de la Margarita. Es notoria la preferencia dada a las vocaciones venidas de la Metrópoli peninsular (Archivo Vargas Ugarte, Volumen 14, 48, ff. 101-114).

Según Fernando Egaña, los rasgos más resaltantes en la Provincia de Perú desde su instalación hasta el final del siglo XVI fueron: 1. La aceptación de las Doctrinas; 2. La adaptación de los misioneros y de su trabajo pastoral a las lenguas locales y vernáculas; 3. La definición de las residencias jesuitas en zonas urbanas a la vez que en misiones temporales. Egaña piensa que todo ello gira en torno a la «salvación de los indigenas.” (Introducción al volumen V de la colección Monumenta Peruana, Fernando de Egaña,: p. 14).

El tema de la aceptación de doctrinas es muy importante, ya que el rasgo fundamental de la Compañía de Jesús es su rasgo itinerante, es decir, la disponibilidad para estar prestos a desplazarse donde sea más necesario. Lo contrario era el asentamiento en un solo lugar, algo que es propio de la vocación que hoy entendemos como diocesana. Citando un documento de la época, observa el Padre Vargas Ugarte:

“La cura de almas exigía la residencia y más después del Concilio de Trento y el Instituto de la Compañía nos quiere libres de esta obligación, para poder acudir allí donde fuere necesario y nos quisieren enviar los Superiores. El oficio de Cura lleva anexo el recibir estipendios u obvenciones por la administración de sacramentos y ceremonias del culto y nuestro Instituto nos manda ejercer gratuitamente los ministerios con los prójimos. En tercer lugar, el Cura está obligado en justicia a atender a sus feligreses y nosotros debemos hacerlo sólo por caridad, con lo cual se evitan escrúpulos de conciencia. Por último el cura no puede menos de depender del Ordinario del lugar y, por lo general, debe ser estable, todo lo cual impediría la libre disposición de sus súbditos por parte de su Superior regular.” (En: Vargas Ugarte Historia de la Compañía de Jesús en el Perú, Burgos, España : Impr. de Aldecoa, 1963-65, I, p. 61. A este respecto, ver también las Constituciones de la Compañía de Jesús, p. 603-632.)

Pero también es cierto que la situación de la misión en el Perú distaba mucho de ser la misma que en Europa. Los agrestes e intrincados territorios hacían difícil un trabajo eficiente en misiones solo temporales, por lo que los jesuitas tuvieron que discernir si era conveniente aceptar las “doctrinas” (a veces llamadas parroquias de indios) y si ello vulneraba su identidad o carisma espiritual. Lo cierto es que la Congregación provincial de 1576 concluyó aceptando la doctrina de Juli, pues además contaba con una serie de características que podían facilitar su labor. (Ver: Alexander Coello. “La doctrina de Juli a debate (1575-1585)”: En: Revista de estudios extremeños, ISSN 0210-2854, Vol. 63, Nº 2, 2007, págs. 951-989).

Paralelamente, misioneros importantes como el Padre Alonso Barzana, hábil en el aprendizaje y comunicación en las lenguas nativas, fueron abriendo nuevos caminos en la Audiencia de Charcas,  hacia Santa Cruz de la Sierra, además de las de Santiago del Estero (Tucumán). Una vez abiertos esos espacios, se iban a su vez fundando Colegios, como los de La Paz y Chuquisaca. Hacia el norte la doctrina de Juli (Perú) y las residencias de Potosí y Asunción, y hacia el norte, nuevas misiones en las Audiencias de Quito y Santiago de Chile. En 1604, el P. General Claudio Aquaviva, nombra al P. Diego de Torres Bollo como el primer provincial de la Paraquaria, donde se fundarían las “Reducciones”, cuyo superior fue el P. Antonio Ruiz de Montoya.