Le correspondió el tercer Superior General de los jesuitas, Francisco de Borja, emprender la labor de enviar jesuitas al Perú. En su imaginario, como en el del resto de sus compañeros, existía la firme convicción de que se trataba de una evangelización análoga a la que había inaugurado la era cristiana poco después del envío de Jesús. El proyecto ignaciano, se iba haciendo una realidad cada vez más universal y concreta, efectuando aquello que se buscaba despertar en el Principio y Fundamento de los Ejercicios espirituales: una acción en pos de la salvación de las ánimas (la propia y las ajenas).

Algunos años antes, aun estando San Ignacio con vida, se había aprobado que dos operarios –el término lo acuña San Ignacio en sus Constituciones- fuesen enviados, desde Sevilla al Perú. Para esos momentos, el cupo de religiosos estaba completo al momento de la partida del Virrey Marqués de Cañete, por lo que los Padres Gaspar de Acevedo y Marco Antonio Fontova debieron quedarse en el puerto y sin poder partir. Tiempo después se presentó una nueva ocasión con la partida del Conde de Nieva. Esta expedición también se frustró. Desde un inicio el Superior General había destinado al Perú personal calificado; así, en esta expedición frustrada había señalado para partir al Dr. Rodríguez, rector del colegio de Valladolid, y al P. Ruiz del Portillo, Rector de la Casa de Probación de Simancas. Éste último terminaría por cumplir la empresa al año siguiente, llegando a ser el primer Superior Provincial del Perú.

Posteriormente, y esta vez bajo el generalato de Francisco de Borja y ante el insistente pedido del Rey Felipe II, se decidió enviar dos sujetos de cada una de las Provincias de España: Jerónimo Ruiz del Portillo, Luis López, Antonio Alvarez, Diego de Bracamonte y Miguel de Fuentes y los hermanos García, Pedro Lobet y Luis de Medina. El barco que conducía a los primeros jesuitas enviados al territorio peruano desplegó sus velas hacia las Indias el 2 de noviembre de 1567. Llegaron a Panamá en Enero de 1568, y al Callao el 28 de marzo de 1568. “Eran en todo seis, pues el P. Alvarez quedó enfermo en Panamá y el H. Medina para asistirle, viniendo a reemplazar a éste un carpintero portugués llamado Alonso Pérez, que pidió ser admitido en la Compañía y sirvió en ella loablemente por mucho tiempo”, dice Vargas Ugarte rememorando este primer grupo de jesuitas indianos (Rubén Vargas Ugarte. Los jesuitas del Perú, 1568-1767. Lima, 1941).  El 8 de noviembre de 1569 , llegaron veinte jesuitas mas de las Provincias de Castilla, Andalucía y Toledo.

En la década de1570 los jesuitas aceptaron trabajar de manera experimental en la doctrina de Huarochirí, de igual manera abrieron “residencias” en Cusco y Arequipa. Poco  poco irían extendiendo su labor misionera hacia el sur y hacia el norte del país, teniendo en el Colegio Máximas de San Pablo, su centro de operaciones.