El origen de la Compañía de Jesús se remonta a la experiencia espiritual de su fundador, Don Iñigo López de Loyola.  Nacido en Azpeitia, en el país vasco, y destinado a ser un hombre de la corte, estuvo bajo el mando del Duque de Nájera, sufriendo un revés en una de las batallas libradas a su servicio, en Pamplona. Siendo herido, quedó deshabitado para la vida militar. En su convalecencia atravesó un proceso de “conversión” decidiendo cambiar de vida, iniciando el proceso en la región de Manresa. Luego de un sinnúmero de experiencias de gran profundidad espiritual relatadas en la Autobiografía, San Ignacio fue depurando las técnicas que él mismo había desarrollado para analizar su relación con Dios. Llegó así a afinar la técnica espiritual del “discernimiento”, fundamento de la futura Orden. Los “Ejercicios espirituales” fueron el resultado de su propia experiencia espiritual, y los fue aplicando a las distintas personas que lo buscaban.

Estudiando en la universidad de Paris, entabló contacto con diversos estudiantes que llegaban atraídos por la excelente formación que allí se brindaba en los “colegios”, en los que además, compartían vivienda. Así llega a conocer a Francisco Xavier, Alfonso Salmerón, Diego Laínez, Nicolás Bobadilla, Pedro Fabro. A ellos se unirían Juan Coduri, Pascal Broët y Claudio Jayo en el proceso de fundación de la Orden, lo que sucedió en 1539, siendo aprobada por Paulo III en 1540 con Ignacio de Loyola como su primer Superior General.

Al principio Ignacio (no se saben las razones del cambio de Íñigo, lo más probable es por la similitud sonora de pronunciación en francés del nombre Ignace) no había pensado en fundar una Orden, pero el ritmo de los acontecimientos le llevaron a tomar la decisión de ponerse al servicio del Papa, con un sentido eclesial de servicio a Dios mediante su Iglesia. Por ello los jesuitas tienen un cuarto voto que consiste, además de los ya conocidos votos de obediencia, castidad y pobreza, en una obediencia incondicional al Pontífice en materias de misión apostólica. Por ello la Compañia es la primera Orden religiosa con finalidad global. Ello implicaba otro tipo de organización, con una exigente formación académica, para poder ser eficientes en cualquier lugar del mundo, una flexibilidad en materia de la regulación de la vida comunitaria, privilegiando los desplazamientos misioneros y anulando el coro, es decir, la reunión de toda la comunidad mediante un horario determinado, para rezar los oficios.

La vida del jesuita se caracteriza por una relación con Dios que pasa por el discernimiento, busca la “salvación” del prójimo mediante acciones concretas para darle herramientas de una vida digna y reflexiva y estar disponible para que sus superiores lo envíen donde la Compañía considera que es más útil y necesario para el servicio a la Iglesia.

Sin pretenderlo, pero por su eficacia, los jesuitas expendieron su modelo educativo desde el primer colegio propiamente jesuita, abierto en Mesina, en 1548. Hasta la muerte de Ignacio, en 1556, se fundaron 33 colegios. En 1581 habían crecido hasta 150. Cuando la ratio Studiorum fue publicada en 1599 ya habían 245. En 1626  el número creció hasta 441 colegios en Europa, sin contar los que ya para entonces florecían en la América colonial, India y Filipinas. Para ese momento, la Compañía ya había iniciado su labor misionera, inaugurada por Francisco Xavier en Goa y Japón, desde muy temprano (1541-42). Poco más de veinte años los jesuitas emprenden camino hacia América.