Restaurada la Compañía de Jesús en 1814, diecisiete antiguos miembros de la provincia del Perú se agregaron a ella. El más conocido de todos fue el español Antonio Alcoriza, uno de los primeros compañeros de (san) José Pignatelli, que fue rector del Colegio Imperial de Madrid. En las Cortes de Cádiz, junto con todos los representantes «españoles americanos», menos uno de Quito, los cinco diputados del virreinato del Perú pidieron (9 abril 1811) la restauración de la Compañía en la América española, por ser su presencia «de la mayor importancia para el cultivo de las ciencias y para el progreso de las misiones». Después que Pío VII restauró (7 agosto 1814) la Compañía, Fernando VII por real cédula del 25 mayo 1815 la restableció en todos sus dominios y ordenó que sus bienes les fuesen devueltos. El virrey del Perú, Joaquín de la Pezuela, dio cumplimiento a esa orden el 9 abril 1816. El mismo año el cabildo de Lima escribió al Rey que para hacerla efectiva se dispusiera el establecimiento de los jesuitas en el virreinato, pues habían sido ellos en el pasado quienes «promovieron la ilustración pública y la buenas costumbres», y que en el presente «son necesarios» y que su falta ha sido muy sensible «como se ha experimentado en los tiempos corridos desde su expatriación». Entre 1816 y 1817, hicieron llegar sus peticiones similares los cabildos de Cajamarca, Chachapoyas y Trujillo. Un sacerdote del Oratorio de S. Felipe Neri, Domingo López Escamilla, ex novicio de la Compañía, que había optado por quedarse cuando la expulsión, escribió (16 junio 1816) de Lima al P. General Tadeo Brzozowski, pidiéndole el envío de jesuitas e indicando que las rentas de los bienes que fueron de la Compañía podrían servir para sufragar los gastos de viaje y reconstruir los ruinosos edificios.

Declarada la independencia de la república del Perú (1821), todos los intentos anteriores se interrumpieron por el predominio de los gobiernos liberales y anticlericales. El 26 noviembre 1855, se dictó una ley que prohibía el restablecimiento de la Compañía, que llegó a abolirse en la constitución del año siguiente.

En 1871, el P. General Pedro Beckx accedió a la petición del obispo de Huánuco, Manuel Teodoro del Valle, de enviar jesuitas para la dirección de su seminario. Se destinaron al Perú los PP. Francisco Javier Hernáez, superior, Jorge Sendoa, Mateo López, Gabino Astráin y Antonio Garcés y los HH. Saturnino Villalba y Patricio Salazar. El Perú pasó a formar parte de la misión ecuatoriana, dependiente de la provincia de Castilla. En 1873, se abrió en Lima una residencia y, en 1878, se fundó el colegio de la Inmaculada. En 1879, los jesuitas fueron expulsados de Huánuco por las autoridades liberales. En abril de ese mismo año estalló la guerra del Pacífico, que enfrentó a Perú y Bolivia contra Chile. Los jesuitas prestaron ayuda en los hospitales de sangre y algunos fueron capellanes del ejército peruano. Se distinguió por su servicio abnegado a los soldados heridos el sacerdote diocesano Nicanor Palomino, que fue admitido en la Compañía después de la guerra, el primer peruano jesuita de esta segunda época. En 1881, la misión peruana (que incluía Bolivia) y la ecuatoriana pasaron a depender de la recién creada provincia de Toledo. Unidas en una sola jurisdicción, tuvieron como primer superior a Martín Goicoechea, con sede en Quito. En 1882, se fundó el colegio S. Calixto en La Paz (Bolivia) y en 1884, el gobierno devolvió a la Compañía la iglesia de S. Pedro de Lima, del antiguo colegio S. Pablo. Pronto empezaron a llover pedidos para tomar un colegio en Lima (el colegio Normal de Varones) que terminó siendo el Colegio de la Inmaculada (Lima). Luego recibieron la Iglesia de San Pedro (Lima) y desde allí dieron el salto a Arequipa para fundar el Colegio San José (Arequipa) y encargarse del Templo de La Compañía en esa ciudad. Con el Noviciado y una casa de Ejercicios en Miraflores, se completa el cuadro de entonces: desde dos grandes centros del Perú fueron los jesuitas formando a generaciones de jóvenes y asociaciones cristianas (Legión de María, luego CVX)  que cumplían un importante apostolado en ambas ciudades.