A inicios de 1946, el Papa encargó a la Compañía la atención del Vicariato de San Francisco Javier del Marañón. Fue un paso clave en la historia de la Provincia Peruana ya que empezó a llegar a las fronteras y al mundo indígena. La cadena de puestos de misión era larga y servían de puerta de entrada a la Amazonía (San Ignacio, Santa Rosa, Bellavista, Nieva, La Coipa, Tabaconas, Jaén, Pucará, Chiriaco, Colasay,…). Como también se alargaba la cadena de servicios pastorales en respuesta a los desafíos de aquella Iglesia: Parroquias y centros educativos, catequistas y “Etsejin» (agentes pastorales en lengua awajún) radiodifusión y capacitación técnica, Vicaría de solidaridad, de medio ambiente, etc.

Paralelamente, la Provincia Peruana abarcó buena parte del mapa y se extendió por el sur hasta Tacna, en la sierra hacia Cusco, Juliaca, Abancay y Huancayo, por el norte hasta Chiclayo y Piura, y en la misma ciudad de Lima se atendía en las Parroquias de Fátima, Santo Toribio, Desamparados.

En 1967 comenzó Fe y Alegría con su propuesta de alcanzar una educación pública de calidad a favor de la población más necesitada. Al fundar la Universidad del Pacífico (Perú) u orientar la Pontificia Universidad Católica del Perú (de la cual el P. Felipe Mac Gregor SJ fue rector) quiso ser un aporte a la profesionalidad de país.

En 1968 se crea la Provincia del Perú con tres regiones, que asumían retos más locales: el Sur con Arequipa, Tacna y Juliaca (en colaboración con la Provincia jesuita de Chicago, USA), el Vicariato de San Francisco Javier en Jaeén y Marañón, Lima con la sierra y costa Norte. Todo ello abrió cauces de solidaridad y compromiso: las obras de pastoral social y educación popular se multiplicaron en sectores marginales, las parroquias de El Agustino con el SEA, Urcos (Cusco) con el CCAIJO, Chachapoyas, Jarpa con el PROCAD, junto al CIPCA y el CEOP de Ilo.

En los años 80 y en sintonía con los terribles problemas que sufría la población, se abrió una residencia en Ayacucho, donde se implementaron comedores, programas de madres de familia, comités de defensa de derechos humanos.

Poco tiempo después nuevas obras se abren para formar personas que asuman la marcha del país, tales como la hoy Universidad Antonio Ruiz de Montoya o el Centro de Espiritualidad y los llamados Centros Loyola, estos últimos, con la espiritualidad ignaciana como pedagogía de la libertad y para discernir las decisiones.

En los años 90 los jesuitas entran en la dinámica del trabajo en redes. La Compañía contaba ya con Fe y Alegría y fue implementando la red CORAJE en Tacna, CONSIGNA para lo educativo, SEPSI para los centros sociales, la Red Apostólica Ignaciana (RAI) y el Consorcio “Juventud y País” para la participación juvenil en la gestión local.

Durante los años 2010 en adelante comienzan los jesuitas a implementar su organización en estructuras de “plataformas” regionales, incorporando a otras instituciones amigas o cercanas para proyectar servicios en común a las diferentes regiones en que se encuentra actualmente la Compañía de Jesús en el Perú.