Los jesuitas en el Perú ya entienden mejor el territorio y la cultura, pero a la vez no están totalmente seguros del lugar que le corresponde a la sociedad andina y sus viejas tradiciones. En otras palabras, se trata del modo en que ellos pensaban la transmisión de la fe, algo que aun requiere de más análisis e investigación.
Juan Carlos Estenssoro ha sido el primero en haber propuesto la idea de que la evangelización del Perú no debe comprenderse en términos de un “sincretismo” cualquiera, ya que es más bien una “apropiación” indígena de las formas culturales de occidente para llenarlas de una intencionalidad nativa, que no era otra estrategia que la de garantizar la supervivencia de su cultura. De modo que todo lo que revela una raíz indígena era sospechoso no sólo como escombros de un tiempo “pagano”, sino antes bien, la manifestación de una idolatría contemporánea. Es desde este ángulo que los misioneros jesuitas se acercaron a la cultura indígena. En medio de las tensiones entre una “teoría de la Iglesia local”, promovida por el Tercer Concilio de Lima y la realidad tan diversa que encontraron, los misioneros se las ingeniaron para ir avanzando Si esta hipótesis es cierta, uno puede creer que los misioneros se enfrentaron a una realidad que les desconcertaba, ya que la uniformidad se encontraba sólo en la letra y no en la realidad.
El trabajo lingüístico del misionero muestra que hay una cierta originalidad en la empresa misionera desplegada en Paraguay. Si las Reducciones fueron colocadas en este espacio de misión de una manera más particular que en otras regiones, las razones pueden encontrarse, por un lado, en la naturaleza de la cultura local y de otro lado, en el saber-hacer acumulado por los jesuitas gracias a su experiencia previa en el Perú.
Colegios y misiones entre indios es pues lo que más caracteriza a este período de la historia jesuita en el Perú, pero también la expansión del modelo peruano a Quito, Bolivia, Chile, Argentina y Paraguay. En algunos sitios primará el modelo de colegio, en otros, el de las misiones rurales. Todos ellos conectados en función de una labor apostólica cuyas características aun están lejos de haber sido exhaustivamente rescatadas.
En Lima, se funda el Colegio San Martín, dirigido a jóvenes laicos, de la misma manera que en el Cusco se hace con el Colegio San Bernardo. Las dificultades vividas entre el Colegio Máximo San Pablo y la Universidad de San Marcos, así como entre el Colegio San Bernardo y el Seminario San Antonio Abad del Cusco han sido rescatadas por el Dr. Pedro Guibovich en el volumen titulado El edificio de las letras (Lima, Universidad del pacífico, 2014).
Las razones para la expulsión de la Compañía en los reinos de España no son del todo claras, sino que son más bien un conjunto de causas que tienen connotaciones económicas y políticas y que enfrentan al Estado colonial, las órdenes religiosas y a los jesuitas.